ความเป็นมาของศูนย์ปฏิบัติการทุ่นระเบิดแห่งชาติ เกิดจากปัญหาทุ่นระเบิดของประเทศไทย เกิดขึ้นเนื่องจากตลอดระยะเวลากว่า 50 ปี ที่ผ่านมา ประเทศไทยประสบปัญหาทั้งความขัดแย้งทางอุดมการณ์ แนวความคิดภายในประเทศ และความขัดแย้งระหว่างกลุ่มต่าง ๆ ของประเทศเพื่อนบ้าน ทั้งนี้การแก้ปัญหาความขัดแย้งส่วนใหญ่มักจบลงด้วยการใช้ความรุนแรง การใช้อาวุธ รวมทั้งการใช้ทุ่นระเบิด ซึ่งเป็นอาวุธที่นิยมใช้อย่างกว้างขวาง

ในขณะนั้น ทำให้พื้นที่ภายในบางส่วนและบริเวณชายแดนทั้ง 4 ด้าน รอบประเทศประสบปัญหาจากทุ่นระเบิด และสรรพวุธระเบิดที่ยังไม่ระเบิด (Unexploded Ordnance : UXO)

ส่งผลกระทบต่อความปลอดภัยในชีวิตและทรัพย์สินของประชาชน เป็นอุปสรรคต่อการพัฒนาชุมชนและการพัฒนาเศรษฐกิจตามแนวชายแดนร่วมกับประเทศเพื่อนบ้าน
การปฏิบัติการทุ่นระเบิดเพื่อมนุษยธรรมของประเทศไทย เป็นไปตามพันธกรณีในอนุสัญญาว่าด้วยการห้ามใช้ สะสม ผลิตและโอน การทำลายทุ่นระเบิดสังหารบุคคลประเทศไทยได้ลงนามในอนุสัญญา เมื่อวันที่ 3 ธันวาคม 2540 ณ กรุงออตตาวา ประเทศแคนาดา มีผลบังคับใช้ต่อประเทศไทยตั้งแต่ 1 พฤษภาคม 2542 สำนักนายกรัฐมนตรีได้มีคำสั่งแต่งตั้งคณะกรรมการดำเนินงานทุ่นระเบิดเพื่อมนุษยธรรมแห่งชาติ โดยมีนายกรัฐมนตรี เป็นประธานกรรมการ หัวหน้าส่วนราชการและหน่วยงานที่เกี่ยวข้องร่วมเป็นกรรมการฯ และมอบให้กองบัญชาการกองทัพไทยจัดตั้งศูนย์ปฏิบัติการทุ่นระเบิดแห่งชาติขึ้นเพื่อเป็นศูนย์กลางของการปฏิบัติงานทั้งปวง

ที่เกี่ยวข้องกับทุ่นระเบิดเพื่อมนุษยธรรม ทั้งนี้เมื่อวันที่ 18 มกราคม 2543 สมเด็จพระเจ้าพี่นางเธอเจ้าฟ้ากัลยาณิวัฒนากรมหลวงนราธิวาสราชนครินทร์ ได้เสด็จฯ เป็นองค์ประธานในพิธี